V roce 1765 vyhověla pražská arcibiskupská konzistoř žádosti věřících a poskytla svolení ke stavbě kostela včetně hřbitova a k usazení kaplana. Žádost byla zdůvodněna vysokou polohou obce, v zimním období s velkým množstvím sněhu a neschůdnou, čtyři hodiny trvající cestou do kostela v Rejštejně. Tehdejší majitel pánství Velký Zdíkov, Arnošt Vilém Malovec, nechal ještě téhož roku vystavět ve středu obce dřevěný kostel, jehož stěny i střecha byly pokryty šindelem. Požehnán a zasvěcen památce nalezení těla sv. Štěpána byl ve středu 13. listopadu roku 1765.
Pro věřící Kvildy i širého okolí bylo vybudování kostela sv. Štěpána zajisté podstatným přínosem. Dne 30. října 1765 byla také dokončena stavba dřevěné fary pro prvého sídelního kaplana Ignáce Pauka, který byl potvrzen zřizovacím dekretem ze dne 3. ledna 1766. Nový kostel byl vybavován postupně. V roce 1767 byl pořízen první zvon, v roce 1780 instalovány varhany, postavené Horaždovickým varhaníkem Václenem Turnovským za pořizovací cenu 40 zlatých. V roce 1797 přistavil Thomas Bauer z Kašperských hor dřevěnou věž s baňatou kopulí za 286 zlatých. Věž byla opatřena prvním hromosvodem, který poskytl farář Heinrich Traxler. V roce 1824 nechal u kostela postavit vysokvý kříž hamerník Martin Zoglauer z Kvildy. Kaplan Ignác Pauk založil již v roce 1765 farní pamětní knihu, v níž jsou vedeny zápisy až do roku 1945. Pamětní kniha obce Kvildy z roku 1922 se zmiňuje o nejstarší písemnosti obyvatel Kvildy z roku 1766. Zde je žádán tehdejší majitel Velkého Zdíkova Arnošt Vilém Malovec, aby laskavě povolil kvildskému kaplanovi držet na panské louce dvě krávy. Tento list vyhotovil Mathias Schuster, rychtář, dále Johann Schuster, Thomas Schuster a Johann Peter. Statkář to dopisem z pondělí 7. dubna 1766 odmítl s poukazem na to, že stavbou kostela a fary už pro obec udělal dost a že kvildští mají pastvin dostatek. V roce 1776 pražská arcibiskupská konzistoř schválila lokálnímu kaplanovi roční důchod 150 zlatých z církevní pokladny, rejšteňský farář mu přenechal štólu a obec Kvilda roční podporu 30 zlatých.
V roce 1889 v noci z neděle sedmého na pondělí osmého července vypukl domně č. p. 27 obchodníka Bernarda Rotha požár. Oheň brzy zachvátil 18 domů, dále nově postavenou školu, shořel i dřevěný kostel. Celkem 41 rodin zůstalo bez přístřeší a přišlo o veškeré své jmění.
Dřevěný kostel sv. Štěpána dobře sloužil věřícím celých 124 let. Fara zůstala ušetřena, ale i zde popraskali žárem všechny okenní tabulky. Farní kniha a matriky přečkali bez úhony, ale všechny spisy a knihy obce padly za oběť požáru. Z kostela byl zachráněn pouze obraz z hlavního olštáře z 18. století nalezení těla sv. Štěpána, uložený později v presbytáři nově vybudovaného kostela. Vyhořelá vesnice byla zdokumentována nepříliš kvalitní, ale výmluvně smutnou fotografií, zobrazující ve středu obce pouze do nebe trčící komíny již neexistujících domů. V chudé obci nastaly velké problémy. Mše byly konány až do vybudování nového kostela ve všední dny u kapličky sv. Jana Nepomuckého v Hamerských domcích, v neděli ve větší dřevěné provizorní stavbě, k jejímuž zbudování bylo použito materiálu z bývalé skládny v Hraběcí Huti.
Ve středu 1. června 1892 byla zahájna na místě totálně vyhořelého původního dřevěného kostela výstavba kostela nového, a to pod patronací jeho excelence Františka Hraběte, Thun Hohensteina, vlastníka panství Velký Zdíkov. Nový kamený kostel byl postaven knížecím stavitelem Janem Štěrbíkem z Vimperka podle vzoru novogotického kostela v Knížecích Pláních. V neděli 10. června 1894 byl nový kostel sv. Štěpána vysvěcen biskupem doktorem Martinem Říhou z Českých Budějovic. Kostel stál celkem 17 452 zlatých 92 krejcarů. Z této sumy měly platit obce patřící k farnosti 1498 zlatých 92 krejcarů, (2:47) ale poté, co při příjezdu patrona Františka Hraběte, Thun Hohensteina, mu občané Kvildy a přilelých obcích připravili velmi pěkné přivítání, jehož se zúčastnili všachny spolky a kapely a při němž byly přednášeny oslavné projevy, převzal hrabě náklady obcí na sebe. Vnitřní zařízení kostela sv. Štěpána - lavice, kůr, kostry tří oltářů v pseudogotickém slohu - je dílem firmy Kotschwarda z Vimperka. Hlavní oltář zasvěcený sv. Štěpánu mučedníku a vedlejší oltáře sv. Janu Nepomuckému a sv. Josefu jsou opatřeny obrazy jmenovaných svědců, vytvořené profesorem malířské akademie v Praze Františkem Sequencem. Varhany vystavěl Jindřich Schiffner z Prahy. Věžní hodiny dodal Ludvík Heinz, rovněž z Prahy.
Již u původního kostela z roku 1765 byl založen hřbitov. Dvěstě let zde ukládali své mrtvé k věčnému spánku věřící kvildské farnosti. Okresní národní výbor v Prachaticích vyhověl žádosti místního národního výboru v Kvildě a v roce 1976 rozhodl o zrušení hřbitova. V roce 1978 byl hřbitov nešetrně zlikvidován, kovové kříže byly odvezeny do sběrných surovin a kamenné náhrobky do hraničního pásma v prostoru Hraběcí huti, turistům tehdy nepřístupného. Na jaře roku 2004 po 28 letech byly náhrobky symbolicky vráceny na kvildský hřbitov.
Od vzniku kostela v roce 1765 bylo pro kvildský svatostánek vyrobeno celkem jedenáct zvonů. Z nich zůstal po požárech a válkách pouze jeden. V neděli 4. srpna roku 2002 byl do věže kostela zavěšen a vysvěcen českobudějovickým biskupem, monsignorem Jiřím Paďourem, další zvon k podstě paní Marie pomocnice křesťanů. Zvon vážící 174 kilogramů, pořízený ze sbírky farníků a přilehlých obcí, tentokrát odlila zvonařská dílna Marie Tomáškové-Dytrychové z Brodku u Přerova na Moravě. Dnes se rozlehá tichým krajem zvuk zvonu horského kostela sv. Štěpana třikrát denně, v 8 hodin ráno, v pravé poledne a o 7 hodině večerní.